Im Gegensatz zum Sieg gegen Würzburg musste Union-Trainer Keller einen Stammspieler ersetzen. Der gelb-rot gesperrte Roberto Puncec wurde von Innenverteidiger Emanuel Pogatetz ersetzt, für den weiterhin verletzten Jakob Busk stand erneut Daniel Mesenhöler im Kasten der Eisernen. Union startete mit folgender Elf:
Mesenhöler – Trimmel, Leistner, Pogatetz, Parensen – Kroos (90. Zejnullahu), Fürstner, Kreilach – Skrzybski (90. + 1 Kessel), Polter, Hedlund (73. Redondo)

Im Stadion am Millerntor zeigten beide Teams von Beginn an, warum sie in der Rückrundentabelle so weit oben stehen. Die Mannschaften spielten mit offenem Visier und setzten den Gegner früh unter Druck. St. Pauli versuchte sein Glück vor allem über die rechte Angriffsseite, auf der Cenk Sahin immer wieder für Gefahr sorgte. Doch auch die Eisernen kamen durch schnelles Umschaltspiel zu guten Möglichkeiten. Nach einer Flanke von Felix Kroos war es schließlich Sebastian Polter, der die 1:0-Führung für den 1. FC Union Berlin erzielte (19.). Im Luftduell mit Buballa verloren beide Akteure für einen kurzen Moment den Überblick über die Ballposition, Polter schaltete jedoch schneller und versuchte den Ball per Linksschuss über die Linie zu drücken, traf die Kugel aber mit dem Knie. Über die Linie ging der Ball trotzdem. St. Pauli ließ sich vom Rückstand nicht schocken und suchte weiter sein Glück in der Offensive. Der Abwehrverbund um Toni Leistner und Emanuel Pogatetz hielt den Angriffen der Hausherren aber ebenso stand, wie der glänzend reagierende Torhüter Daniel Mesenhöler. Trotz weiterer guter Möglichkeiten durch Hedlund und Skrzybski verpassten die Eisernen jedoch eine höhere Halbzeitführung. Hedlund scheiterte im eins gegen eins an Heerwagen (41.), der Abschluss von Skrzybski strich nur Zentimeter am langen Pfosten vorbei (45.). Nach 45 turbulenten Minuten verabschiedeten sich die Mannschaften somit zum Durchschnaufen in die Halbzeitpause.

Der zweite Abschnitt begann, wie der Erste aufgehört hatte. St. Pauli machte sofort Druck, Daniel Mesenhöler rettete in höchster Not glänzend gegen Jeremy Dudziak (46.). Nur zwei Minuten später waren es jedoch die Eisernen, denen der nächste Treffer gelang (48.). Rechtsverteidiger Christopher Trimmel flankte den Ball nach einem tollen Sololauf punktgenau auf Damir Kreilach, der Kroate verwertete die Kugel aus kurzer Distanz per Kopf zum 2:0. Trotz des erneuten Rückschlags versuchten die Hausherren nach vorne zu spielen, Union zog sich etwas weiter zurück und lauerte auf Konter. Sieben Minuten vor dem Ende verkürzten die Hausherren doch noch auf 1:2. Einen Schussversuch von Bernd Nehring blockte Stephan Fürstner an der Strafraumgrenze ab, Sobota schnappte sich den zweiten Ball und flankte in den Strafraum. Torjäger Aziz Bouhaddouz beförderte den Ball schließlich per Kopf ins Tor, der Anschlusstreffer für den FC St. Pauli (83.). Kurz vor Ende der Partie boten sich den Köpenickern Möglichkeiten, das Spiel endgültig zu entscheiden, doch sowohl Fürstner, als auch Kreilach und Polter verpassten den Treffer zum 3:1. In der Nachspielzeit hatte der Hamburger Lennart Thy noch den Ausgleich auf dem Fuß, der gute Schuss des Stürmers ging allerdings über den Querbalken.

„Die Mannschaft hat in der ersten Halbzeit eine sehr gute Mentalität gezeigt und war ab der ersten Minute hoch konzentriert. Wir haben hier noch nie gewonnen und wir wollten diese Serie brechen. Aus meiner Sicht sind wir verdient mit 1:0 in Führung gegangen, haben es anschließend aber trotz guter Chancen verpasst, ein weiteres Ding zu machen. Nach der Pause müssen wir uns bei Mesi bedanken, der super rettet. Im Gegenzug machen wir das 2:0. Anschließend haben wir wenig zugelassen und gut verteidigt, obwohl St. Pauli Druck gemacht hat. Letztendlich haben wir verdient gewonnen“, so Jens Keller auf der Pressekonferenz nach dem Spiel am Millerntor.

Bevor sich die Liga in die Länderspielpause verabschiedet, treffen die Eisernen am nächsten Spieltag auf den 1. FC Nürnberg. Der Anpfiff unter Flutlicht erfolgt am Montag, dem 20.03.2017 um 20:15 Uhr im Stadion An der Alten Försterei. Davor bestreitet der 1. FC Union Berlin noch ein Testspiel beim Oberligisten Hertha 03 Zehlendorf. Hier erfolgt der Anpfiff am Ernst-Reuter-Sportfeld am Mittwoch, dem 15.03.2015 um 18:15 Uhr.